Obec Kendice leží v dolnej časti údolia rieky Torysy, v hor­nej časti Košicko-prešovskej kotliny. Z východnej strany kotlinu ohraničuje Slánske pohorie, zo západnej predsunuté pahorkatiny Šarišskej vrchoviny s Čiernou horou v jej južnej časti. Zo severnej strany údolie uzatvárajú vrchy Veľká stráž, Malá stráž a Kapušiansky hradný vrch. Na juhu je kotlina otvorená. Na viacerých miestach kendického chotára vo vyššie položených chotárnych honoch vyvierajú zo zeme vody vo forme malých artézkych studničiek bez väčšieho významu. V malom okruhu zamokrujú pôdu, oráčinu či pastvisko a po krátkom toku zanikajú (Močartalky, Pri rybníčku...). Hlavnú sídelnú os kotliny tvorí údolie rieky Torysy, ktorá údolím voľne preteká a pred reguláciou a vybudovaním ochrannej hrádze tvorila veľké meandre s náplavami usadenín štrkopieskov, hlín, ale aj kamenných nánosov. V severnej časti kendického chotára povyše mosta hlavnej cesty ponad Torysu, v časti nazývanej Kamena baňa je po pravobežnom toku vysoký svah, ktorý rieku nasmeroval do východojužného smeru. Za železničným mostom sa rieka opäť stáča na juh. Vody Torysy pretekajúce kendickým chotárom sú južne od Prešova napájané vodami rieky Sekčov a pri Haniske riečkou Delňa.