Keď sa zrodila myšlienka odťažiť preplnenosť farského kostola sv. Mikuláša výstavbou nového kostola, vychádzalo sa z reality, keď Stará Ľubovňa mala cca 16500 obyvateľov a z nich podľa sčítania ľudu z roku 1991 bolo 62,9% katolíkov, čo predstavuje cca 10400 veriacich. Farský kostol už tento stav kapacitne nezvládal. Preto miestny duchovný otec Mgr. Marián Pánik i farské spoločenstvo sa rozhodli pre stavbu nového kostola, ako dar ako dar veriacich k 2000 ročnému výročiu príchodu Spasiteľa Ježiša Krista k nám na zem. Myšlienka sa stala skutkom a realizovala sa zadaním projektu projektovému ateliéru GAM v Ružomberku, Ing. arch. Mariánovi Gočovi. V r. 1997 predložený návrh stavby bol konzultovaný v kruhu miestneho kňaza, vybraného okruhu farníkov a biskupského úradu. Vďaka mestu Stará Ľubovňa, jeho primátorovi a poslancom Mestského zastupiteľstva, sa 8.4.1997 odpredal na tento účel objekt kotolne s priľahlým pozemkom na Okružnej ulici. Teda na mieste, ktoré vyhovuje polohou veriacim celého sídliska Západ. Zámerom výstavby bola myšlienka, že \"Kostol, Boží dom, je vlastným miestom liturgickej modlitby farského spoločenstva. Je aj privilegovaným miestom na adoráciu Ježiša Krista, skutočne prítomného v Najsvätejšej sviatosti.\" KKC §2691 Pristúpilo sa k realizácii diela s rozpočtovým nákladom v cenách v roku 1997, v sume 10,5 mil. Sk. Posviacku základného kameňa vykonal bývalý miestny farár, čestný občan Starej Ľubovne, pápežský prelát, Mons. Viktor Trstenský dňa 19.3.1998. V auguste až septembri 1998 sa uskutočnilo výberové konanie na hlavného dodávateľa stavby, ktorého, i keď sa oslovilo niekoľko firiem, zúčastnili sa iba dve. Na uskutočnenie realizácie sa vybrala stavebná firma Ing. Milana Štupáka - IVS s.r.o. Na financovaní kostola sa okrem príspevkov vo forme sponzorstva niektorých dodávateľov podieľali veriaci farnosti individuálnymi darmi, ale aj zbierkami, ktoré sa vykonávali 1-2 krát mesačne vo farskom kostole. Z osobitných darov sa taktiež zakúpili 3 zvony, na ktorých je zoznam darcov, ktorí naň prispeli. Zvony posvätil dňa 5.7.1999 diecézny otec biskup František Tondra na slávnostnej sv. omši, ktorá sa konala v areáli staveniska kostola. Zo zbierok a darov sa tiež zakúpilo ozvučenie, organ, lavice, vybavenie sakristie a spovedníc. Posledné práce na stavbe kostola sa vykonávali v novembri 1999, kedy bol aj kostol dokončený. Posviacka kostola sv. Petra a Pavla sa konala dňa 21.11.1999. Novostavbu kostola konsekroval diecézny otec biskup František Tondra.